Pedido De Demissão- Funcionário Publico

Boa Noite!

Caros colegas não tenho absolutamente nenhuma experiencia na área administrativa, mas estou realizando um trabalho fora de Sp, e um dos meus clientes me pediu uma direção para resolver uma questão a qual cito abaixo e dispus me a ajuda-lo. Para tanto gostaria de contar com a ajuda dos nobres colegas:

a) Trata-se de uma pessoa que é um funcionário publico ha 11 anos. Ele prestou o concurso e foi aprovado para o cargo de auxiliar de motorista, porem ele efetivamente atua como como motorista, nunca foi auxiliar;
b) outro detalhe e que ele foi nomeado para assumir o cargo de coordenador de transporte, porem o salario dele e documentação continuam como de motorista;
c) ele assina folhas complementares para receber diferenças de salários que constam o nome da função de coordenador, mas trata-se de uma diferença pequena que não chega ao valor do que seria um cargo de coordenador;
d) o cargo de coordenador de transportes não existe no quadro organizacional do departamento;

Bom feito estas considerações, tendo em vista estar descontente com tudo o que foi pontuado, ele veio a pedir a exoneração (depois de ja ter tirado licença remunerada) por escrito ao seu superior do cargo de Coordenador de transporte para voltar a atuar efetivamente como motorista, mas este tentou convence-lo do contrario, e não quis passar recibo do pedido do pedido de exoneração.
Passado 40 dias ele não recebeu nenhum retorno e por isso esta desconfiado que seu pedido não foi levado adiante.

Estive pesquisando e descobri que o pedido de exoneração deve ser pedido a secretaria responsável pelo departamento ao qual o funcionário e vinculado, e deve ser preenchido formulário especifico.Ele não fez nada disso, me disse que fez apenas uma carta pedindo a dispensa e afirmando motivos pessoais. 

Qual seria o próximo passo? Ele deve ignorar esta carta e fazer o pedido por meio deste formulário padrão?esta carta que ele fez teria alguma validade? alguém pode se opor a um pedido deste?

Caso ele decida permanecer, quais medidas cabem para resolver as irregularidades acima, pois eu encontro os seguintes problemas:

Como ele poderia pleitear diferenças salariais se o cargo que ele atua de Coordenador de transportes não existe no quadro organizacional? qual base de salario ele vai usar?